茂林鄉於日據時代稱為瑪雅社俗稱舊茂林，於民國30年間日本人為了便於統治管理，乃將整個部落遷至於現址，使茂林村成為茂林鄉的行政中心，而茂林區衛生所亦在此時成立，俗稱瑪雅衛生所。
茂林在民國35年建鄉之初即以多納鄉為名，民國46年才更名為茂林鄉，因此本所早期亦有人稱其為多納衛生所，其現址在於現今之代表會。隨著時光的更替，簡陋的衛生所已無法滿足茂林鄉鄉民的需要，於民國47年將衛生所遷移至舊衛生所即茂林區茂林村四之二號，唯一不變的是仍隸屬於茂林鄉公所。
民國62年為加強衛生所的功能，在省政府的主導下，脫離鄉公所歸屬於高雄縣衛生局，民國80年省衛生處為了落實偏遠地區醫療提昇的計畫，乃撥款補助興建現址之衛生所即茂林鄉茂林村8之4號。
民國99年12月高雄縣市合併升格改制直轄市，更名為高雄市。同年12月25日，茂林鄉衛生所更名為茂林區衛生所。