- 藥政業務
- 藥商、藥局設立、變更及停歇業登記事項等業務及普查與輔導
- 藥商（含中藥商）、藥局藥事人員執業、變更與停歇業登記事項業務管理及稽查與輔導
- 實施醫藥分業診所、藥局、西藥販賣藥事人員執業情形
- 機構（醫院、診所、藥局、動物醫院、藥商販賣業、藥商製造業）申請管制藥品登記證停、歇業及變更業務
- 管制藥品銷毀、減損業務及輔導查核
- 用藥安全、藥物濫用宣導
- .藥品化粧品醫療器材之不法查緝及違規案件與廣告之移送查處（含人民陳情申訴檢驗案件）
- 醫政業務
- 各類醫療（事）機構（醫院除外）申請開業、歇業及變更。
- 各類醫事人員申請開業、歇業及變更等事宜，除護理師（士）、助產士（師）、營養師（醫療機構）、藥師（醫療機構）由本局醫政事務科辦理外，餘由衛生所辦理。
- 醫療機構（含醫院）各類醫事人員報備支援（登錄、變更、註銷）業務。
- 密醫及醫事人員非法執業查辦及陳情案件（含廣告案件）
- 辦理醫事機構及人員卡（RAO系統）
- 勞工健檢業務
- 救護車管理
- 食品抽驗規劃及執行。
- 食品標示管理業務。
- 餐飲業者衛生自主管理標章推動計畫。
- 加水站衛生管理。
- 餐飲業及飲食攤販、觀光景點衛生管理。
- 學校午餐、學校合作社食品業衛生輔導。
- 食品中毒宣導及事件處理事宜。
- 食品製造、加工、輸入業稽查管理。
- 食品業者追溯追蹤管理。
- 各類食品違規廣告查處。
- 食品安全宣導及食品志工管理。
- 食品業者登錄業務。
- 營業衛生業務
- 營業衛生類別事業單位管理稽查與輔導
- 營業衛生例行採樣送驗
- 輔導營業衛生自主管理與衛生管理人衛生講習
- 菸害稽查業務
- 各類別事業單位及各級學校菸害稽查與輔導
- 菸害防制陳情案件調查處理
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